Skrzat domowy Zgredek odwiedza dom Dursleyów podczas wakacji i mówi Harry'emu, że nie powinien wracać do Hogwartu, bo wydarzą się tam straszne rzeczy. Wkrótce Ron z braćmi zabiera przyjaciela za pomocą latającego auta swojego ojca do Nory (rodzinnego domu Weasleyów), gdzie ten spędza resztę wakacji. Niedługo po rozpoczęcia kolejnego roku szkolnego na ścianie zamku pojawia się informacja, że otwarta została Komnata Tajemnic. Uczniowie dowiadują się, że zbudował ją Salazar Slytherin, jeden z założycieli Hogwartu, który chciał usunąć z niego dzieci mugoli; tylko jego dziedzic może otworzyć Komnatę i dokonać tego dzieła z pomocą żyjącego tam potwora. Wkrótce kolejni uczniowie z mugolskich rodzin zostają spetryfikowane, a szkole zagraża coraz większe zagrożenie. Podejrzenia o bycie dziedzicem padają na Harry'ego, który – podobnie jak Slytherin – ma rzadki dar rozmawiania z wężami. Tymczasem chłopiec znajduje dziennik Toma Riddle'a, dawnego ucznia Hogwartu, i dowiaduje się z niego, że za jego czasów Komnatę także otwarto i oskarżono za to Hagrida. Aby uniknąć powtórki z rzekomego incydentu, minister magii wysyła gajowego do Azkabanu, zaś Dumbledore zostaje zawieszony. Wkrótce spetryfikowana zostaje Hermiona, która uprzednio odkrywa, że tajemniczy potwór to bazyliszek zabijający wzrokiem. Gdy siostra Rona, Ginny, zostaje porwana do Komnaty, jej brat i Harry ruszają na ratunek. Potter dociera samodzielnie do celu, gdzie spotyka Riddle'a, który okazuje się być Voldemortem z młodości. Harry zabija bazyliszka mieczem Godryka Gryffindora, który mu się ukazuje, a także niszczy dziennik, po czym Riddle znika. Okazuje się, że dzieci mugoli petryfikował właśnie ten potwór, którego wypuszczała Ginny opętana przez Czarnego Pana za pomocą dziennika. Ofiary zostają przywrócone do życia, a Hagrid i Dumbledore powracają do szkoły.