Podczas wakacji Harry'ego i jego kuzyna Dudleya atakują dementorzy, których pierwszy z chłopców odpędza zaklęciem patronusa. Zostaje oskarżony o nielegalne użycie czarów w obecności mugola i poza Hogwartem. Resztę wakacji Harry spędza z Weasleyami, Hermioną i Syriuszem w domu rodu Blacków, który jest zarazem siedzibą Zakonu Feniksa – tajnej organizacji utworzonej przez Dumbledore'a w celu walki z Voldemortem. Świat czarodziejów podzielony jest na tych, którzy wierzą Harry'emu i Dumbledore'owi w powrót Czarnego Pana, i na tych, którzy uważają to za bzdurę (zalicza się do nich Knot). Potter zjawia się w Departamencie Tajemnic w Ministerstwie Magii na przesłuchanie, podczas którego zostaje uniewinniony. Tymczasem minister wysyła do Hogwartu nową nauczycielkę obrony przed czarną magią, Dolores Umbridge, która – ku niezadowoleniu uczniów – uczy wyłącznie teorii przedmiotu. Harry, Ron i Hermiona zakładają nielegalną grupę Gwardia Dumbledore'a, w której wybrana grupa poznaje praktyczną obronę przed siłami zła. Tymczasem Umbridge zostaje mianowana Wielkim Inkwizytorem Hogwartu, a z każdym kolejnym dekretem Ministerstwa zwiększa się jej władza w szkole. Harry często ma wizje tego, co robi teraz Voldemort; raz widzi atak na pana Weasleya i za sprawą szybkiej interwencji ojciec Rona zostaje uratowany. Dumbledore nakazuje Snape'owi uczyć Harry'ego oklumencji, czyli obrony przed dostawaniem się Voldemorta do mózgu chłopca. Wkrótce Gwardia Dumbledore'a zostaje wykryta, a dyrektor Hogwartu ponosi na siebie odpowiedzialność za nią, po czym ucieka przed aresztowaniem. Umbridge awansuje na stanowisko dyrektora. Pewnego razu Harry widzi w swej wizji Syriusza torturowanego przez Czarnego Pana w Departamencie Tajemnic. Wraz z Ronem, Hermioną i trójką innych przyjaciół wyrusza do Ministerstwa, gdzie okazuje się, że wizja była nieprawdziwa. Harry znajduje przepowiednię o sobie samym, po czym zjawiają się śmierciożercy, którzy chcą mu ją odebrać. Wybucha walka, do której dołączają się członkowie Zakonu i w której ginie Syriusz. Zjawiają się Dumbledore i Voldemort, którzy staczają ze sobą pojedynek, jednak ten drugi ucieka po tym, jak zostaje zauważony przez pracowników Ministerstwa z Knotem na czele. Minister ogłasza jego powrót i usuwa z Hogwartu Umbridge, zaś Dumbledore (przywrócony na stanowisko dyrektora) przekazuje Harry'emu treść przepowiedni: tylko on jest w stanie pokonać Voldemorta i w końcu jeden z nich dwóch będzie musiał zabić tego drugiego, bo żaden nie może żyć, gdy drugi przeżyje.